Die Systemlayer übernehmen spezielle Aufgaben in Vi Plan und werden zum Teil von Bauteilvorlagen verwendet. So werden beim Erzeugen eines Treppensymbols mit der Bauteilvorlage automatisch die richtigen Layer verwendet (z. B. Treppenloch). Eigene Änderungen auf diesen Layern sollten nur im Ausnahmefall vorgenommen werden und setzen das entsprechende Hintergrundwissen voraus. Das Ein- und Ausschalten der Layer erfolgt einzeln über die Checkboxen oder global über die Schaltflächen.